【2021/11/28】PHPのアップデートに伴い、文字コード問題を修正。一応動作してるっぽい。
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TeXLiveのアップデートに失敗している理由についてはわかりません。
ゼロから入れなおされてはどうでしょうか。
udlineが文字化けとのことですが、platex で使用する文字コードと一致していない場合は、
unix だと nkf などで文字コード変換をするか、
もしくは該当の文字コードの科研費LaTeXのファイルをダウンロードしてその中のudline を取ってくればどうでしょうか。