MacBabel-1.6デバッグ情報

1999/09/18

• Chem3Dで作ったメタノール分子の３種類の入力ファイル、MOPAC internal(.dat)、Gaussian Zmatrix(.com)、PDB(.pdb)　共に出力形式、MOPAC internal、Gaussian Zmatrixの場合にエラーで出力できない。
  MOPAC internal -> (Gaussian Zmatrix, pdb)
  pdb -> (MOPAC internal, Gaussian Zmatrix)
  への変換を行えるようにしました。オリジナルのUNIX版のREADME.1STに書かれているoutputのオプションの情報が実装と食い違っているらしく、README.1STに基づいて引数を渡すように書き直したMac版で不具合が出ているようです。
• GAMESS形式出力の場合には、Unable to allocate memory for 0 bonds requires 0 bytesというエラーが出て、ファイルはできますが中身は空っぽである。
  プログラム修正後こちらで試したところ、
  MOPAC internal -> (gamess input)
  pdb -> (gamess input)
  は変換できるようになりました。ところが、いただいたCH3OH.comファイル（Gaussian Zmatrixとのことですが）

  
    0  1
  C 0   -0.687775    0.000000    0.081421
  O 0    0.733215    0.000000    0.081421
  H 0   -1.007034    0.000000   -0.982712
  H 0   -1.007034    0.953018    0.554825
  H 0   -1.007034   -0.953018    0.554825
  H 0    1.007050    0.000000    0.982712
  
  

  を、Gaussian Zmatrixの形式を指定して読み込もうとすると、Unable to allocate memory for 0 bonds requires 0 bytesというエラーが出て読み込めず、そのためどの形式に変換することもできないことがわかりました。CH3OH.pdbからGaussian Zmatrixに変換した結果は、

  
  $RunGauss
  %chk=/scr3/mstahl/
  #rhf 3-21g opt scf=direct maxdisk=10000000 Test
  
  comment line
  
  0 1
    C 
    O    1 r2 
    H    1 r3    2 a3
    H    1 r4    2 a4    3 d4
    H    1 r5    2 a5    3 d5
    H    2 r6    1 a6    3 d6
  Variables:
  r2= 1.4210
  r3= 1.1108
  a3= 106.69
  r4= 1.1111
  a4= 106.68
  d4= 243.56
  r5= 1.1111
  a5= 106.68
  d5= 116.44
  r6= 0.9427
  a6= 106.90
  d6= 179.97
  
  

Y.Amo /