一応ご案内。
科研費LaTeXサーバ/科研費LaTeXサーバ(ミラー)/LaTeXを使ったマクロです。わからないことがあったら、科研費LaTeX FAQと、この掲示板のログをまず探してみてください。
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spam除けのために、e-mail欄に入力があると書き込めなくしてみました。
ここは科研費LaTeXの掲示板なので、それに関する質問に限っています。
TeXLiveのアップデートに失敗している理由についてはわかりません。
ゼロから入れなおされてはどうでしょうか。
udlineが文字化けとのことですが、platex で使用する文字コードと一致していない場合は、
unix だと nkf などで文字コード変換をするか、
もしくは該当の文字コードの科研費LaTeXのファイルをダウンロードしてその中のudline を取ってくればどうでしょうか。