メモlog

WileyのJournal of Raman Spectroscopyに投稿しようかと思ったら、book用のはあるがarticle用のTeXスタイルファイルが提供されていない。オンライン投稿でTeXファイルも受け付ける（ただしレビュー用にpdf版も出せ）と書いてある。海外のサイトを検索したら、スタイルファイルはないのでLaTeX標準のarticleを使え、という話になっていた。本文は標準スタイルのarticleで何とかなるとしても、文献リストの形式がかなり違う。似たのが無いかと探してみたら、Journal of Americam Chemical Societyの文献リストが似た形式なので、すこしいじって合わせることにした。

まず、170行目くらいのFUNCTION {delimiter.default}の中身を、

FUNCTION {delimiter.default}
{
%  delimiter.semicolon
%標準の区切りをコンマに。これで、著者名の間の区切りがセミコロンからコンマになる。
  delimiter.comma
}

のように変更。これで、著者名の間の区切りが’;’から’,’に変更される。

次に、著者名の書き方を変更、イニシャルの後にドット、スペースを空けてファミリーネーム、になるようにする。このためには、FUNCTION {format.names}の内部を書き換える。　423行目あたりをこんなふうにする。

          s nameptr
%          "{vv~}{ll}{, f.}{, jj}"
%著者名の並びを変更
          "{f. }{vv~}{ll}{, jj}"
          format.name$
          bibinfo.check

著者名の並びの後は掲載雑誌名がくるのだけど、間にカンマが必要。これは、FUNCTION {format.names}の内部で処理してしまう。FUNCTION {format.names}の最後の部分に、

      while$
%著者名リストと論文誌名の間にカンマを入れる。
      delimiter.default *
    }
  if$
}

のように１行書き加えて、最後にカンマを足しておく。

これでとりあえずjournalの文献引用は合わせることができたのだけど、bookやbook chapterの引用がどうなるかはまだ確認していないからわからない。

　音楽用のiPod Touchが古くなったので、今使ってるiPod Touch（主に手帳がわり）を最新機種にして、手帳代わりにしてた方を音楽専用にしようと思い立ちました。プレイリストの管理は、iPodでのみやっていて、iTunesとは一致させていません。このため、プレイリストも含めた音楽を一度全部iPod Touchから吸い出しておく必要があります。
　数年に１回発生する作業なので、前回使ったツールがアップデートに対応してなかったりで、毎回ツール探しから始めることになります。ネットで検索して出て来たツールがあったので試したのですが、動かないものも多かったです。
　TunesGoは、iTunesに転送しろというボタンをクリックすると、iPod Touchをスキャンはしてくれるんですが、その後の書き込みで100前後くらいしか音楽を書き出せず、エラーで戻ってきます。
　Xilisoft iPod転送は、インストールしてもうまく動かず。削除しようとすると、実行中のプロセスがある、と表示されて、デスクトップに勝手にこしらえられたエイリアスが削除できません。本体は削除できたのですが。
　音楽は全部で7000くらい（といっても語学の教材のCDを入れたものが相当数ある）あります。まずは、空のiTunesライブラリを作り（iTunes起動時にoptionキーを押すと、開くライブラリを選んだり、新しいのを作れたりする）、AnyTransというソフトで転送を始めました。ところが、1000ファイルくらい転送すると動きが遅くなってしまって先にすすみません。仕方がないので、音楽を選んでプレイリストを表示して、プレイリストごとに全曲選択してiTunesに転送、で、まあ実用的な速度で転送できています。一括でできないのが面倒ですが、今の所これが一番確実な模様。

Macで動くTeXPadの設定方法。インストールした後、環境設定→ディストリビューションを開いて、「ディストリビューションをカスタム設定」を選択。
/Applications/TeXLive/Library/texlive/2013/bin/x86_64-darwin/
を指定するだけで、基本検診は全部パスする。ただし、奥村本第６版からインストールしておくこと。古い版の付録DVDからインストールしたディストリビューションを指定したら、検診をパスしなかった。

なお、Ghostscriptのパスは/usr/local/binに固定されているので、奥村本でインストールした後、
/Applications/TeXLive/Library/mactexaddons/bin/gs
のシンボリックリンクを、
/usr/local/bin
に置く必要がある。ターミナルから
sudo ln -s /Applications/TeXLive/Library/mactexaddons/bin/gs /usr/local/bin/gs
と入れて、管理者パスワードをきかれたら入力する。

使ってみた問題点。
RevTeXで文献付のコンパイルをすると、文献リストの番号が正しく出ないことがある。bibtexからコンパイルしたファイルを読み込んでいるのだけど、最後の文献リストに番号だけあって内容がない項目が出る。
epsファイルは取り込めるのだけど、pdfを取り込めない。\usepackage{mediabb}を使ってpdfの図を配置しようとすると、図のサイズの枠しか出ず、内容がpdfに入っていない。
Mac版と連携もとれるので使いやすそうなんだけど、この問題があるのでちょっとがっかり。対策を探さないといけない。

奥村本第６版付録のDVDから、TeXのインストール先を変更せず、/Applications/TeXLive以下にインストールした場合の設定。

http://www.xm1math.net/texmaker/から最新版をダウンロード。

このままでは日本語が出ない。popplerをインストールするのが、いちいちファイルのコピーをしなくても済む簡単な対策だが、推奨されているインストール方法はbrewを使うことになっていて、brewはMacにインストールされていなかった。そこで、まずはbrewをインストールする。
http://brew.sh/index_ja.htmlを参考にして、
/usr/bin/ruby -e “$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)”
とコマンドラインで入力するとbrewが入る。

次に、https://texwiki.texjp.org/?Texmaker#m8993d2fを参考にし、
strings -a /Applications/Tools/texmaker.app/Contents/Frameworks/libpoppler.??.dylib | grep poppler
を実行すると、
Unknown CID font collection, please report to poppler bugzilla.
/Users/pascalbrachet/poppler64/share/poppler
%Produced by poppler pdftops version: {0:s} (http://poppler.freedesktop.org)
と出るので、
brew install poppler
sudo mkdir -p /Users/pascalbrachet/poppler64/share
sudo ln -s /usr/local/share/poppler /Users/pascalbrachet/poppler64/share/poppler
を実行する。

次に、日本語キーボードだと、バックスラッシュ’\’を入力したいのに’¥’が優先的に入力されてしまう（’alt’+’¥’でいつでも’\’が入力できるが）のを改善する。キーバインドの変更は、https://pqrs.org/osx/karabiner/index.html.jaで紹介されているKarabinerを使う。
ダウンロードしてインストールした後、/Applications直下からkarabinerを移動させてはいけない（Macの場合、インストール後に/Applications直下のサブフォルダに入れても正常に動作するアプリがほとんどなので、うっかりサブフォルダに入れたりしないように注意が必要）。
Karabinerをダブルクリックして、Preferenceの画面で”Change Key”タブを選び、一覧の後半にある”For Japanese”を開く。その下にある、”Change Yen(¥) Key”をクリックして、
JIS Yen(¥) to Backslash(\)
をチェックする。

texmakerそのものの設定は、Preferenceより、Commandsは

LaTeX:
“/Applications/TeXLive/Library/texlive/2013/bin/x86_64-darwin/uplatex” -synctex=1 -interaction=nonstopmode %.tex

PdfLaTeX
“/Applications/TeXLive/Library/texlive/2013/bin/x86_64-darwin/pdfplatex” -interaction=nonstopmode %.tex

XeLaTeX
“xelatex” -synctex=1 -interaction=nonstopmode %.tex

LuaLaTeX
“lualatex” -synctex=1 -interaction=nonstopmode %.tex

Bibtex
“/Applications/TeXLive/Library/texlive/2013/bin/x86_64-darwin/upbibtex” %.aux

Make index
“/Applications/TeXLive/Library/texlive/2013/bin/x86_64-darwin/mendex” %.idx

dvips
“/Applications/TeXLive/Library/texlive/2013/bin/x86_64-darwin/dvips” %.dvi

dfipdfm
“/Applications/TeXLive/Library/texlive/2013/bin/x86_64-darwin/dvipdfmx” -p a5 %.dvi

ps2pdf
“/Applications/TeXLive/Library/mactexaddons/bin/ps2pdf” %.ps

metapost
“/Applications/TeXLive/Library/texlive/2013/bin/x86_64-darwin/mptopdf” –interaction nonstopmode

Aymptote
/Applications/TeXLive/Library/texlive/2013/bin/x86_64-darwin/asy %.asy

ghostscript
“/Applications/TeXLive/Library/mactexaddons/bin/gs”

のようにした。大体あってると思うが、もしかしたら一部違っているかもしれない。

Quick buildは
LaTeX + dvipdfm + ViewPDF
を指定した。

全部のコマンドを試したわけじゃないので一部違ってるかもしれないけど、これで日本語を書いたtexファイルをコンパイルして、正常に日本語が表示されるpdfができる。

Mac OS Xだと、
~/Library/Containers/net.janseoft.janetter/Data/Library/Application Support/JanetterPro/data/log
の中を削除する。これで大抵の場合は動くようになる。

ploneとapacheの連携見直しをしていたらまともに動かなくて丸一日はまった。１つのサーバに２つのドメインを割り当てて、そえぞれVIrtualHostでアクセスされたURLごとに振り分けて別々のDocumentRootを見に行くようにしている。既に動いているWordPressなどへのアクセスはそのまま通し、それ以外についてはPloneで作ったサイトが見えるようにしようとしたのだが、連携させるとエラーになる。

httpd-vhost.confでは、

<VirtualHost *:80>

ServerAdmin apj@cm.kj.yamagata-u.ac.jp

ServerName cml-office.org

ServerAlias www.cml-office.org

DocumentRoot “/home/WWW/cml-office”

ErrorLog “logs/cml-office-error_log”

CustomLog “logs/cml-office-access_log” common

<Directory “/home/WWW/cml-office”>

Options FollowSymLinks MultiViews ExecCGI

AllowOverride All

</Directory>

RewriteEngine On

RewriteRule ^/archive – [L]

RewriteRule ^/v2log – [L]

RewriteRule ^/memolog – [L]

RewriteRule ^/action – [L]

……のように、そのままアクセスさせたいディレクトリをまず全部書いてから、

RewriteRule ^/(.*) http://localhost:8080/VirtualHostBase/http/www.cml-office.org:80/official/VirtualHostRoot/$1 [L,P]

で、トップページへのアクセスをPloneで作ったofficialというインスタンスを表示させるように設定したのだけど、これがinternal server errorで落ちる。rewriteの失敗かと思って、ログをとってみることにした。

ログの取り方は、 apache2.4以降は、config中に

LogLevel alert rewrite:trace3

と書く。

tail -f error_log|fgrep ‘[rewrite:’

で、関連部分のみ抜き出す、という方法でできる。で、やってみたのだけど目立ったエラーが出ていない。きちんと動いている別サーバのログと比べても問題があるように見えない。

結局、apache側で、

LoadModule alias_module modules/mod_alias.so

LoadModule rewrite_module modules/mod_rewrite.so

LoadModule proxy_module modules/mod_proxy.so

あたりを入れただけでは足りなくて、

LoadModule proxy_html_module modules/mod_proxy_html.so

や

LoadModule proxy_http_module modules/mod_proxy_http.so

も有効にしておかないとダメらしい。この２つが有効であるようにしてからは意図通りに動くようになった。

なお、Plone側は、ZMIで、/に行って、右上のプルダウンからVirtual Host Monsterを選んでAddしておく必要がある（が、普通にインストールすると入ってるような……）。

久しぶりに嵌ったのでメモ。
FreeBSD9.1のレンタルサーバでの設定。
portsをアップグレードして、qpopper+dracd+postfixでPOP before SMTPの構築を試みたのだが、あれこれがんばってみても、動かない。
maillogのエラーの１つは
postfix/smtpd[1527]: error: open database /usr/local/etc/dracd.db: Invalid argument
というもので、これ以外にもdracd単独で動くように見えてもpopperでアクセスするとdracd.dbが更新されなかったり、そもそもdracd単独テストでdracd.dbのファイルサイズが0のままになったりといろいろ。これでまる２日ほど嵌った。

まず、portを最新版にしたのがまずかった。dracdは、bdbを使って動くのだけど、bdb5だとまともに動かず、
/usr/local/sbin/rpc.dracd -i
を実行しても、/usr/local/etc/dracd.dbは0バイトのままで何も書き込まれない。また、最新版のportsからdracdを入れると、依存関係を調べてbdb5を入れてくれるので、それでいいのかと思って信用してるとダメだというorz。

まず、portsを丸ごと古いヤツに入れ替える。/usr/portsをそっくり入れ替え。すると/ports/databasesの中にbdb41があるので、間違って入れたこれより上のバージョンの関連ファイルを/usr/local/libなどを探してまるっと削除。その後、portsからbdb41を入れる。普通にmake installすればよい。何かエラーが出るならmake cleanとかmake deinstallで一旦消してからmake install、それでも何か言われたらmake reinstallで入れる。

次に
cd /usr/ports/mail/drac
make instal
を実行。オプションはDB使う、postfixを指定。すると、依存関係のチェックで既にあるbdb4.1を見て続けてくれる。/usr/local/etc/dracd.allowの設定とか自動起動とかをやっておく。ソースから入れるならlibdrac.aとかを/usr/local/libに後から置く必要があるかも。

portsから以前入れたqpopperがdracを見てくれてないぽい。メーラーでつないでもdracd.dbが更新されてない。portsをいろいろ弄ったりしたため、portsから入れようとするとpkgの方で引っかかってエラーになるので、ソースから入れる。ftp.qualcomm.comから最新のソースを引っ張ってきて展開、
./configure -enable-standalone –enable-apop –with-drac=/usr/local/lib –with-popuid=pop –mandir=/usr/share/man
make install
起動は、
/usr/local/sbin/popper -s -S
一回リブートして、rpc.dracdもpopperも自動起動することを確認し、メーラーでつないだら、dracd.dbが更新された。れんけいかくにん、よかった！

で、portから入れてもソースから入れてもdracd.dbを読んでくれなかったpostfixだが、バージョンを2.10系統にしたらあっさり動いた。特にコンパイルオプションを指定せずにmake installで問題なし。maillogに出ている、postrixがdracd.dbを開けないエラーは、dracとpostfixで異なるバージョンのbdbを使うと起きるエラーらしい。しかし、2.11以降はdracとpostfixの組み合わせでは、インストール時にどちらも入れてあるbdb4.1を使うしかないというかそれしか使えない状態でも、postfixがdracd.dbを見ようとすると失敗するみたい。

なお、/etc/aliasesから/etc/aliases.dbを作る時は、postfixと一緒に入るpostaliasを使って作らないと、aliases.dbが開けないというエラーも出る。2.10と2.11では互換性がないっぽい。もしかしたらマイナーバージョンの違いでもこのエラーは出るかもしれない。

Macで使ってないアプリが勝手に終了してしまうのを止める方法。

ターミナルから、
defaults write -g NSDisableAutomaticTermination -bool yes

再有効化するには、

defaults delete NSDisableAutomaticTermination

と入力。

こんな感じ。

¥documentclass[12pt]{jarticle}

¥begin{document}

¥renewcommand{¥rmdefault}{ptm} %ローマンフォントをTimesに
¥renewcommand{¥sfdefault}{phv} %サンセリフをHelveticaに
¥renewcommand{¥ttdefault}{pcr} %タイプライター（等幅）をクーリエに
¥normalfont

¥textrm{Default roman font becomes times.}

¥textsf{Default san-serif font becomes helverica.}

¥texttt{Default fixed font becomes courier.}

¥renewcommand{¥rmdefault}{cmr} %ローマンをcomputer modernに
¥renewcommand{¥sfdefault}{cmss} %helveticaをサンセリフに
¥renewcommand{¥ttdefault}{cmtt} % タイプライター（等幅）をクーリエに
¥normalfont

¥textrm{Default roman font becomes Computer Modern.}

¥textsf{Default san-serif font becomes Computer Modern.}

¥texttt{Default fixed font becomes Computer Modern.}

¥end{document}

　DEVONthinkを愛用しているのだが、RTFファイルを作り、２列の表を作り、その表の中に画像を貼り込むと、古いバージョンでは表のカラムの横幅に画像をリサイズして表示してくれてたのに、新しいバージョンではオリジナルサイズでしか表示されなくなった。
　どうすれば自動で表のサイズにしてくれるのか、ユーザーフォーラムで訊いたけど答えてくれる人がいなかったので、サポートチームに訊いてみた。

1. DEVONthinkを終了。
2. ターミナル（/Applications/Utilities/Terminal.app）を開く。
3. 次を入力：
defaults write com.devon-technologies.thinkpro2 ShouldScaleAttachedImages YES [RETURN]
exit [RETURN]

　これで、DEVONthinkを再度動かすと、画像が全部テーブルのサイズに合わせて表示される。